下属公司上海深水港国际物流有限公司负责管理洋山深水港口岸查验区,并提供公共查验服务。口岸查验区面积约61万平方米,由集装箱待检重箱场地、停车场、H986集装箱检查中心、集装箱查验平台、货物罚没仓库及相关配套辅助设施组成。查验业务包括一般贸易进出口货物、保税货物、跨境电子商务货物、冷冻品货物、废物废料、果品生鲜查验以及放射性检测等特殊货物查验。